可拓创新方法的理论基础是可拓论。

可拓论以基元作为逻辑细胞，建立用形式化表示万事、万物、问题、信息、知识和创意的可拓模型，研究事物可以拓展的性质，形成了基元理论，包括基元的可拓展性理论和物的共轭性理论。

可拓学研究了人们处理矛盾问题的工具——可拓变换，利用可拓变换使矛盾问题转化为不矛盾问题，它的依据是可拓集合理论。

可拓学研究者还研究了处理矛盾问题的推理工具，建立了可拓逻辑。使计算机能帮助人们处理矛盾问题。

可拓创新方法根据可拓论建立了处理不相容问题的菱形方法和处理对立问题的转换桥方法，应用于各个领域处理矛盾问题。详细内容可见《可拓工程》一书。